In silico оцінювання фармакодинамічної складової взаємодії S-алкілпохідних 5-метил-4-(п-толіл)-1,2,4-тріазол-3-тіолу з деякими біологічними мішенями

Abstract

Мета роботи – in silico дослідження й оцінювання можливої взаємодії віртуального ряду S-алкілпохідних 5-метил-4-(п-толіл)-1,2,4- тріазол-3-тіолу з деякими ферментними системами. Матеріали та методи. Використали комп’ютерний метод (молекулярний докінг) прогнозування й оцінювання взаємодії між молекулою-лігандом і цільовою білковою структурою. Підготовку лігандів виконали за допомогою програм MarvinSketch 6.3.0, Hyper Chem 8 та AutoDockTools-1.5.6. Підготовка ферменту передбачала застосування програмних пакетів Discovery Studio 4.0 та AutoDockTools-1.5.6. Безпосередньо молекулярний докінг здійснили за допомогою програми Vina. Результати. Сконструйовано віртуальний ряд S-алкілпохідних 5-метил-4-(п-толіл)-1,2,4-тріазол-3-тіолу з потенційною можливістю створення біологічно активної субстанції. За допомогою програмного інструменту Vina визначено природу та кількість амінокислотних залишків активних центрів модельних ферментів, з якими координуються та зв’язуються запропоновані ліганди. У результаті докінгових досліджень визначили прогнозований афінітет до ланостерол-14α-деметилази. Дещо поступається за якісними та кількісними показниками можливий вплив на рецепторну тирозинкіназу анапластичної лімфоми. The aim of the work was to study in silico and to evaluate the possible interaction of a virtual series of S-alkyl derivatives of 5-methyl-4- (p-tolyl)-1,2,4-triazole-3-thiol with some enzyme systems. Materials and methods. A computer method (molecular docking) for predicting and evaluating the interaction between a ligand molecule and a target protein structure. Ligand preparation was performed using MarvinSketch 6.3.0, Hyper Chem 8, and AutoDockTools-1.5.6 programs. Enzyme preparation involved the use of Discovery Studio 4.0 and AutoDockTools-1.5.6 software packages. Direct molecular docking was performed using the Vina program. Results. A virtual series of S-alkyl derivatives of 5-methyl-4-(p-tolyl)-1,2,4-triazole-3-thiol with the potential possibility of creating a biologically active substance has been constructed. Using the Vina software tool, the nature and number of amino acid residues of the active centers of model enzymes, with which the proposed ligands coordinate and bind, were determined. According to the results of docking studies, the predicted affinity for lanosterol-14α-demethylase was determined. The effect on the receptor tyrosine kinase of anaplastic lymphoma is somewhat inferior in terms of qualitative and quantitative indicators.